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共同利用者支援システム

サンプルリストの読み込み

 PAMを用いた実験を行う際の操作は、UGUIS上のSCREENタブを用いて行います。 SCREENタブでは、サンプルリストファイルの読み込みから、カセットの識別、回折計上の試料の交換、全自動スクリーニングなどの操作を行うことができます。 PAMの操作は、ビームライン制御ソフトUGUIのPAM対応版UGUIS(Unifiled Graphical User Interface for Screening)で行います。

結晶交換ロボット実験開始まで(経験者向け)


UGUISの起動

 測定用コンピュータ(UGUI PC)のUGUISのアイコン(鳥のほう)をダブルクリックすると、PAM対応版のビームライン制御ソフトが立ち上がります。


サンプルリストの読み込み

  1. SCREENタブのSamplelistセクションにある[Add]ボタンをクリックする。

  2. サンプルリストファイルを選択する。

  3. SCREENタブのテーブルにサンプルリストが表示される。
    初回読み込み時はロボットにカセットを割り当てていないため、文字が灰色で選択不能の状態になっています。

  4. サンプルリストは複数読み込ませることも可能で、読み込ませたサンプルリストはテーブルのリスト末尾に追加される。

  5. サンプルリストを読み込ませたら、ディレクトリの指定カセットIDの割り当てを行う。

  6. サンプルリストと同じディレクトリにカセットリストファイルが存在すればそれも自動的に読み込む。
    カセットリストファイルを用意しておくと、ディレクトリの指定やカセットIDの割り当てをする必要がなくなります。 詳しくはカセットリストファイルの仕様をご覧ください。

実験データの保存元ディレクトリの指定

 サンプルをマウントする前に実験データの保存するディレクトリの元ディレクトリを指定する必要があります。 元ディレクトリを指定しないと実験データはユーザーIDの下に保存されるため、以前のサンプルリストを使いまわしされると画像データ保存時にUGUISからエラーが表示されます。 サンプルをマウントされる前に必ずディレクトリの作成とデータの保存先を設定してください。 なお、カセットリストファイル(.cbl)を用意されますと自動的に元ディレクトリが指定されます。 →詳細

  1. >Working Directory<の右にある[Select]をクリックし、設定画面を開く。

  2. 保存元ディレクトリを作成する。 (ディレクトリが存在しない場合)
    • [Create New Directory]ボタンをクリックする。
    • ディレクトリ名を入力する。
      例: /gpfs/data/(yourID)/(yymmdd_Beamline)
    • [OK]ボタンをクリックするとツリーに新しいディレクトリが追加される。

  3. 保存元ディレクトリを選択する。(方法は以下の二通り)
    • ディレクトリツリーからマウスで選択する。
    • Select Directory フィールドに直接入力し、[Go]ボタンをクリックする。
    >Working Directory<が変更されたことを確認してください。

  4. 保存元ディレクトリを指定する。
    メニューバーの[Special] - [Files/Directories name]を選択し、robot work directory baseセクションの[Set current work directory as wd_basd]ボタンをクリックすると、wd_baseが変更されます。

    測定データは /gpfs/data/(yourID)/(yymmdd_Beamline)/ContainerID/Directory の下に保存されます。 ContainerIDとDirectoryにはそれぞれサンプルリストで指定した値のディレクトリが作成されます。 mkdir after exchangeにチェックを入れることで、サンプルのマウント時に自動的にディレクトリを作成します。


サンプルリストの修正

 読み込んだサンプルリストは、UGUISから修正することが可能です。 UGUISの仕様上、複数個のサンプルをまとめて修正することはできません。 複数個のサンプルをまとめて修正する時は、サンプルリストの消去を行った後バックアップ用WindowsPC、または解析用LinuxPCを用いて修正を行ってください。 バックアップ用WindowsPCにはExcelがインストールされています。 消去手順の詳細はサンプルリストの消去をご覧ください。 ここではUGUISからのサンプルリストの修正手順について説明します。

  1. SCREENタブのサンプルリストテーブルから、修正したいサンプルを選択する。

  2. サンプル情報編集部分のModifyにチェックを入れる。
    各項目のテキストボックスがアクティブになり、修正が可能となります。

  3. 修正したい項目を修正する。

  4. [Apply]ボタンを押し、修正内容を反映させる。
    各項目のテキストボックスが非アクティブになり、入力を受け付けなくなります。 再度修正が必要な時はModifyにチェックを入れ、修正を行ってください。


サンプルリストの消去

 間違ったサンプルリストを読み込んだり、PAM実験が終了した時は、サンプルリストを消去する必要があります。 複数のサンプルリストを読み込んだ時は、個別に消すことが出来ませんのでご注意ください。 また、サンプルリストを消去してもロボットへ割り当てたカセットIDの情報は消去されません。 したがってサンプルリスト消去直後に再度サンプルリストを読み込ませると、テーブルに表示されるサンプルリストは選択可能な状態になります。

  1. SCREENタブのSamplelistセクションにある[Clear]ボタンをクリックする。


  2. サンプルリストファイルを保存するか選択する。

  3. テーブル上のサンプルリスト全てが消去される。


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