M e n u



   L i n k s
KEK
高エネルギー加速器研究機構
PF
KEK IMSS 放射光科学研究施設
SBRC
構造生物学研究センター
KEK User Information
共同利用者支援システム

BL-5Aを利用する方へ

  1. 2011年より、GPFSの運用を開始しました。
    UGUIを立ち上げた時のWorking Directoryは/gpfs/data/(ユーザー名)となっています。

  2. 実験中にBBSを閉じないでください。
    分光器の熱負荷に変化があると、セッティングが変化してしまいます。 長時間実験を行わない場合や実験終了時はハッチを閉め、SHUTTER開の状態にしてください。



BL-5Aの仕様

研究分野

タンパク質結晶構造解析

光源

多極ウィグラー

光学系

平行化ミラー
14.5 m
Rh コート平板 Si 単結晶ミラー
入射角 : 3.5 mrad
長さ1000 mm x 幅 80 mm x 厚さ70 mm
分光器
16.5 m
直接水冷型 Si(111) 二結晶分光器
(第一結晶 : マイクロチャネル水冷)
(第二結晶 : 間接水冷)
縦横集光ミラー
18.7 m
Rh コート Si 単結晶トロイダルミラー
入射角 : 3.5 mrad
長さ1000 mm x 幅 100 mm x 厚さ60 mm

サンプル位置でのX線について

使用可能ビーム波長 : 0.75 - 1.9 Å
エネルギー分解能 (deltaE / E) : 2.5 x 10-4
フォトン数 : 8.6 x 1011@2.5GeV, 450mA, 1.0 Å
標準ビームサイズ (H x V) : 0.2 x 0.2 mm

実験ステーションの設備

X線二次元検出器 : ADSC Quantum 315r
型式 : CCD
受光面積 : 315 x 315 mm2
ピクセルサイズ : 102 x 102 µm
     (Binning off : 51 x 51 µm)
総ピクセル数 : 3072 x 3072
     (Binning off : 6144 x 6144)
回折像のファイルサイズ : 19 MByte
読み出し速度 : 0.25 秒
1フレームあたりのデータ収集時間 : 露光時間 + 1.3秒
試料-検出器間距離 : 60 - 950 mm
検出器の垂直方向のオフセット : 0 - 150 mm
試料吹付低温装置 : 低温窒素ガス吹付方式 (95 K ~ 300 K)
蛍光検出器 : Si-PINフォトダイオード

ワークステーション、データ解析ソフトについて

コンピュータ
   ワークステーション 4台 ( Linux CentOS6 )
   バックアップ用PC 2台 ( Windows8.1 Linux )

利用可能なデータ処理ソフトウェア : HKL2000, iMosflm, XDS

発表論文

Improvement of an Automated Protein Crystal Exchange System PAM for High-throughput Data Collection
Masahiko Hiraki, Yusuke Yamada, Leonard M. G. Chavas, Soichi Wakatsuki, Naohiro Matsugaki
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3795550/

Data Management System at the Photon Factory Macromolecular Crystallography Beamline
Yusuke Yamada, Naohiro Matsugaki, Leonard M. G. Chavas, Masahiko Hiraki, Noriyuki Igarashi, Soichi Wakatsuki, Journal of Physics: Conference Series ; 425, 012017 (2013)
http://iopscience.iop.org/1742-6596/425/1/012017

Current stats and future prospects of an automated sample exchange system PAM for protein crystallography
Masahiko Hiraki, Yusuke Yamada, Leonard M. G. Chavas, Naohiro Matsugaki, Noriyuki Igarashi, Soichi Wakatsuki, Journal of Physics: Conference Series ; 425, 012014 (2013)
http://iopscience.iop.org/1742-6596/425/1/012014

UV LED lighting for automated crystal centring
Leonard M. G. Chavas, Yusuke Yamada, Masahiko Hiraki, Noriyuki Igarashi, Naohiro Matsugaki, Soichi Wakatsuki, Journal of Synchrotron Radiation, 18, 11-15 (2011)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21169682

Fully Automated Data Collection Using PAM and the Development of PAM/SPACE Reversible Cassettes
Masahiko Hiraki, Shokei Watanabe, Leonard M. G. Chavas, Yusuke Yamada, Naohiro Matsugaki, Noriyuki Igarashi, Soichi Wakatsuki, Masahiro Fujihashi, Kunio Miki, Seiki Baba, Go Ueno, Masaki Yamamoto, Mamoru Suzuki, Atsushi Nakagawa, Nobuhisa Watanabe, and Isao Tanaka, AIP Conference Proceedings, 1234, 673 (2010)
http://proceedings.aip.org/resource/2/apcpcs/1234/1/673_1

High-throughput operation of sample-exchange robots with double tongs at the Photon Factory beamlines
Masahiko Hiraki, Shokei Watanabe, Nobuo pHonda, Yusuke Yamada, Naohiro Matsugaki, Noriyuki Igarashi, Yurii Gaponov and Soichi Wakatsuki, Journal of Synchrotron Radiation, Vol.15, 300-303 (2008)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18421164

Implementation of remote monitoring and diffraction evaluation systems at the Photon Factory macromolecular crystallography beamlines
Yusuke Yamada, Nobuo pHonda, Naohiro Matsugaki, Noriyuki Igarashi, Masahiko Hiraki, Soichi Wakatsuki, Journal of Synchrotron Radiation, Vol.15, 296-299,(2008)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18421163

Automated Sample Exchange Robots for the Structural Biology Beam Lines at the Photon Factory
Masahiko Hiraki, Shokei Watanabe, Yusuke Yamada, Naohiro Matsugaki, Noriyuki Igarashi, Yurii Gaponov, and Soichi Wakatsuki, AIP Conference Proceedings, 879, 1924 (2007)
http://proceedings.aip.org/resource/2/apcpcs/879/1/1924_1

フォトンファクトリー構造生物ビームラインにおける自動化に向けた取り組み
五十嵐教之, 平木雅彦, 松垣直宏, 山田悠介, 若槻壮市, 日本結晶学会誌, Vol.49(6), 359-363 (2007)
https://www.jstage.jst.go.jp/article/jcrsj1959/49/6/49_6_359/_article/-char/ja/

連絡先

Naohiro Matsugaki (KEK-PF)
Phone : +81-29-864-5640
PHS : +81-29-864-5200 (ext : 4340)
FAX : +81-29-864-2801
E-mail : naohiro.matsugakikek.jp


[戻る] [ページのTOPへ] [SBRC Homeへ]