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KEK
高エネルギー加速器研究機構
PF
KEK IMSS 放射光科学研究施設
SBRC
構造生物学研究センター
KEK User Information
共同利用者支援システム

AR-NE3Aを利用する方へ

  1. External Modeについて
    定時入射後のMBSやGapの操作を自動で行うExternal Modeを導入しました。 External Modeは以下の点に従って実行してください。
    • 通常の手順で実験ハッチを閉じ、鍵をEXPに回す。
    • SHUTTERボタンを押し、DSSを開ける。
    • STATION CONTROLLERの右側 [External Mode] を2秒以上押す。
    • External Modeが実行されると、鍵の周辺が時計回りに点滅する。

    ※External Modeの注意点
    実験ハッチを開くとExternal Modeは解除されます。 PAMを用いた実験ならばカセット設置後External Modeを実行して問題ありませんが、実験ハッチへの行き来がある実験ですと、定時入射中に外出されるような状況で利用していただくと便利です。 また、入射直後はビーム強度が安定しないので5分程度待ってから実験を再開してください。

  2. 2011年10月より、GPFSの運用を開始しました。
    UGUIを立ち上げた時のWorking Directoryは/gpfs/data/(ユーザー名)となっています。

  3. 実験中にBBSを閉じないでください。
    分光器の熱負荷に変化があると、セッティングが変化してしまいます。 長時間実験を行わない場合や実験終了時はハッチを閉め、SHUTTER開の状態にしてください。

  4. PF-ARへの入射時の対応(External Modeを利用されない場合)
    入射の際、MBSが閉じられアンジュレータのギャップが開きます。したがって入射後、MBSを開いてからギャップを閉める必要があります。
    • 館内放送終了後入射が開始される。
      表示されているステータスがAcceleration → Injection → Storage → User Runと変わります。 入射後User Runになるまで約15分かかります。



    • User Runになったらハッチの扉を閉めて鍵を抜き、写真(①)の場所へ鍵を挿して、EXP側に回す。
    • MBS OPEN REQ(②)ボタンを押す。約10秒程度でMBSが開きます。
      2012年よりAR-NW12AのMBSを制御するクライアントを導入し、MBSを開くと自動的にGapを閉じるようになりました。
    • SHUTTER(③)ボタンを押してDSSを開ける。




    ※上記の手順を行った後ビームが出ていない場合、何らかの不具合でGapが閉じていない可能性があります。
    以下の手順で再度Gapを閉じてみてください。(正常に閉じていればUGUI Statusの背景色がすぐに青に変わります)
    • UGUI、UGUISのメニューバーにある[Special]メニューから[Gap]を選択する。



    • 確認のダイアログボックスが出てくるので、[OK]を押す。




AR-NE3Aの仕様

研究分野

タンパク質結晶構造解析

光源

真空封止アンジュレータ

光学系

平行化ミラー
19.2 m
Rh コート平板 Si 単結晶ミラー
入射角 : 3.5 mrad
長さ1000 mm x 幅80 mm x 厚さ70 mm
分光器
25.4 m
液体窒素冷却型 Si(111) 二結晶分光器
縦横集光ミラー
27.0 m
Rh コート SiO2 単結晶トロイダルミラー
入射角 : 3.5 mrad
長さ1000 mm x 幅 100 mm x 厚さ60 mm

サンプル位置でのX線について

使用可能ビーム波長 : 0.75 - 1.9 Å
エネルギー分解能 (deltaE / E) : 2.5 x 10-4
フォトン数 : 1.2 x 1012@6.5 GeV, 1.0 Å
標準ビームサイズ (H x V) : 0.20 x 0.08 mm

実験ステーションの設備

X線二次元検出器 : Pilatus 2M-F
型式 : PAD
受光面積 : 254 x 289 mm2
ピクセルサイズ : 172 x 172 µm
総ピクセル数 : 1475 x 1679
回折像のファイルサイズ : 2.5 MByte
読み出し速度 : 0.003 秒
1フレームあたりのデータ収集時間 : 露光時間
試料-検出器間距離 : 80 - 500 mm
検出器の垂直方向のオフセット : 変更不可
試料吹付低温装置 : 低温窒素ガス吹付方式 (95 K ~ 300 K)
蛍光検出器 : Si-PINフォトダイオード

ワークステーション、データ解析ソフトについて

コンピュータ
   ワークステーション 5台 ( Linux CentOS6 )
   バックアップ用PC 3台 ( Windows8.1 Linux )

利用可能なデータ処理ソフトウェア : HKL2000, iMosflm, XDS

発表論文

Improvement of an Automated Protein Crystal Exchange System PAM for High-throughput Data Collection
Masahiko Hiraki, Yusuke Yamada, Leonard M. G. Chavas, Soichi Wakatsuki, Naohiro Matsugaki
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3795550/

Data Management System at the Photon Factory Macromolecular Crystallography Beamline
Yusuke Yamada, Naohiro Matsugaki, Leonard M. G. Chavas, Masahiko Hiraki, Noriyuki Igarashi, Soichi Wakatsuki, Journal of Physics: Conference Series ; 425, 012017 (2013)
http://iopscience.iop.org/1742-6596/425/1/012017

Current stats and future prospects of an automated sample exchange system PAM for protein crystallography
Masahiko Hiraki, Yusuke Yamada, Leonard M. G. Chavas, Naohiro Matsugaki, Noriyuki Igarashi, Soichi Wakatsuki, Journal of Physics: Conference Series ; 425, 012014 (2013)
http://iopscience.iop.org/1742-6596/425/1/012014

AR-NE3A, a New Macromolecular Crystallography Beamline for Pharmaceutical Applications at the Photon Factory
Yusuke Yamada, Masahiko Hiraki, Kumiko Sasajima, Naohiro Matsugaki, Noriyuki Igarashi, Yasushi Amano, Masaichi Warizaya, Hitoshi Sakashita, Takashi Kikuchi, Takeharu Mori, Akio Toyoshima, Shunji Kishimoto and Soichi Wakatsuki, AIP Conference Proceedings, 1234, 415-418 (2009)
http://proceedings.aip.org/resource/2/apcpcs/1234/1/415_1

Fully Automated Data Collection Using PAM and the Development of PAM/SPACE Reversible Cassettes
Masahiko Hiraki, Shokei Watanabe, Leonard M. G. Chavas, Yusuke Yamada, Naohiro Matsugaki, Noriyuki Igarashi, Soichi Wakatsuki, Masahiro Fujihashi, Kunio Miki, Seiki Baba, Go Ueno, Masaki Yamamoto, Mamoru Suzuki, Atsushi Nakagawa, Nobuhisa Watanabe, and Isao Tanaka, AIP Conference Proceedings, 1234, 673 (2010)
http://proceedings.aip.org/resource/2/apcpcs/1234/1/673_1

High-throughput operation of sample-exchange robots with double tongs at the Photon Factory beamlines
Masahiko Hiraki, Shokei Watanabe, Nobuo pHonda, Yusuke Yamada, Naohiro Matsugaki, Noriyuki Igarashi, Yurii Gaponov and Soichi Wakatsuki, Journal of Synchrotron Radiation, Vol.15, 300-303 (2008)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18421164

Implementation of remote monitoring and diffraction evaluation systems at the Photon Factory macromolecular crystallography beamlines
Yusuke Yamada, Nobuo pHonda, Naohiro Matsugaki, Noriyuki Igarashi, Masahiko Hiraki, Soichi Wakatsuki, Journal of Synchrotron Radiation, Vol.15, 296-299,(2008)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18421163

Automated Sample Exchange Robots for the Structural Biology Beam Lines at the Photon Factory
Masahiko Hiraki, Shokei Watanabe, Yusuke Yamada, Naohiro Matsugaki, Noriyuki Igarashi, Yurii Gaponov, and Soichi Wakatsuki, AIP Conference Proceedings, 879, 1924 (2007)
http://proceedings.aip.org/resource/2/apcpcs/879/1/1924_1

フォトンファクトリー構造生物ビームラインにおける自動化に向けた取り組み
五十嵐教之, 平木雅彦, 松垣直宏, 山田悠介, 若槻壮市, 日本結晶学会誌, Vol.49(6), 359-363 (2007)
https://www.jstage.jst.go.jp/article/jcrsj1959/49/6/49_6_359/_article/-char/ja/

連絡先

Yusuke Yamada (KEK-PF)
Phone : +81-29-864-5642
PHS : +81-29-864-5200 (ext : 4738)
FAX : +81-29-864-2801
E-mail : yusuke.yamadakek.jp


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